含氯消毒劑能使許多致病微生物快速失活，常用于自來水廠的飲用水消毒，在出廠時(shí)余氯≥0.3mg/L。在預(yù)處理流程中維持水中余氯濃度0.5-1.0ppm 就可預(yù)防熱交換器和介質(zhì)濾器上的微生物污染，所以直接使用生活飲用水制備制藥用水時(shí)，一般不需要再進(jìn)行在線消毒。
但是針對使用地表水，或者處在管網(wǎng)末梢水余氯指標(biāo)只有≥0.05mg/L的用戶，通常需要考慮在預(yù)處理工序采用氯消毒或其他消毒措施，以防止微生物的污染，其他消毒措施包括臭氧和紫外輻照滅菌，在制藥用水系統(tǒng)的清洗消毒一章中討論。 常用的含氯消毒劑有氯氣、次氯酸鈉或次氯酸鈣。在水中它們迅速水解成次氯酸。
Cl2、NaClO、Ca(ClO)2、HClO 和ClO–的總和稱為殘留余氯(FRC)；氯與水中氨類物質(zhì)反應(yīng)將形成氯胺，這類氯胺化合物被稱為結(jié)合余氯(CRC)。有殺菌活性的主要是殘留余氯。
含氯消毒劑的殺菌效率取決于余氯的濃度和接觸時(shí)間。 一般在取水口加入含氯消毒劑，殘留余氯濃度0.5~1.0ppm ，維持20~30 分鐘。
氯的加藥量還取決于進(jìn)水中有機(jī)物的含量，因?yàn)橛袡C(jī)物也會消耗氯。
臭氧、含氯消毒劑以及其他氧化劑對離子交換樹脂和聚酰胺類復(fù)合反滲透膜膜均有損害作用。為了預(yù)防膜本身的降解在進(jìn)入膜元件或離子交換樹脂之前(注入點(diǎn)一般設(shè)置在保護(hù)安濾器的出口處)，須經(jīng)過C底地脫氯處理。
某些特種膜元件具有一定的抗氯能力，可以在一定時(shí)間內(nèi)對抗氯的攻擊，但長期高濃度接觸，也會出現(xiàn)膜的降解。
余氯可以通過活性炭或化學(xué)還原劑將其還原成無害的氯離子。
焦亞硫酸鈉(SMBS)、亞硫酸氫鈉(SBS)是常用的去除余氯的化學(xué)品，每脫除1.0mg 的余氯約需要加入3mg 的SMBS或5mg的SBS。
亞硫酸氫鈉具有抑制微生物生長的作用，也可同時(shí)作為反滲透膜的在線消毒。
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